1991年版では48種（亜種を含む、以下同じ）、1999年版では110種、2007年版では230種と、掲載種数は増加している。ただしこれは、最新の研究の結果により分類が変更されたこと（それまでは別（亜）種と考えられていたものが、同（亜）種であると改められる等）や、評価単位が変更されたこと（種単位で評価していた分類群を亜種単位での評価に変える等）などによる部分があるので、掲載種数の増加が単純に絶滅危惧種の増加を示すとは言えないことに注意する必要がある。
#分類上亜種に細分される場合は原則として亜種を評価の対象とする。
##学名を伴わなくとも、実体が1分類群として論文等により明確に定義付けられている場合は評価の対象とする。
##亜種レベルに満たないグループ、種内変異である
等、亜種名が存在しても分類上の議論がある種は、単独での選定評価は行わない。
#淡水河川・湖沼から汽水域に生息する魚類を対象とする。海産魚類は対象外。
#海外から導入された種及び他地域から導入された種は対象から除く。
汽水・淡水魚類の絶滅危惧（絶滅のおそれのある種）の数は、1991年版では22種、1999年版では76種、2007年版では144種となり、増加している。汽水・淡水魚類の評価対象種は約400種なので、2007年版では、約36%が絶滅危惧である。
汽水・淡水魚類レッドリスト（コイ目）
| 和名 | 学名 | 1991年版 | 1999年版 | 2007年版 | 備考 |
| ドジョウ科 |
| スジシマドジョウ小型種山陽型 | Cobitis sp., S San-yo form | - | 絶滅危惧IB類 | 絶滅危惧IA類 | 1999年版では「スジシマドジョウ小型種」で評価した。 |
| アユモドキ | Leptobotia curta | 絶滅危惧種 | 絶滅危惧IA類 | 絶滅危惧IA類 | |
| イシドジョウ >|Cobitis takatsuensis | - | 絶滅危惧IB類 | 絶滅危惧IB類 | |
| ヒナイシドジョウ >|Cobitis shikokuensis | - | 絶滅危惧IB類 | 絶滅危惧IB類 | 1999年版では「イシドジョウ」に含められていた（2006年11月に新種記載）。 |
| スジシマドジョウ大型種 >|Cobitis sp. L | - | 絶滅危惧II類 | 絶滅危惧IB類 | |
| |Cobitis sp., S Tokai form | - | 絶滅危惧IB類 | 絶滅危惧IB類 | 1999年版では「スジシマドジョウ小型種」で評価した。 |
| |Cobitis sp., S Biwako form | - | 絶滅危惧IB類 | 絶滅危惧IB類 | 1999年版では「スジシマドジョウ小型種」で評価した。 |
| |Cobitis sp., S San-in form | - | 絶滅危惧IB類 | 絶滅危惧IB類 | 1999年版では「スジシマドジョウ小型種」で評価した。 |
| |Cobitis sp., S Kyushu form | - | 絶滅危惧IB類 | 絶滅危惧IB類 | 1999年版では「スジシマドジョウ小型種」で評価した。 |
| エゾホトケドジョウ >|Lefua nikkonis | - | 絶滅危惧II類 | 絶滅危惧IB類 | |
| ホトケドジョウ >|Lefua echigonia | - | 絶滅危惧IB類 | 絶滅危惧IB類 | |
| ナガレホトケドジョウ >|Lefua sp. | - | 絶滅危惧IB類 | 絶滅危惧IB類 | |
| アジメドジョウ >|Niwaella delicata | - | 地域個体群 | 絶滅危惧II類 | 1999年版では「大阪府のアジメドジョウ」で評価した。 |
| ヤマトシマドジョウ >|Cobitis matsubarae | - | - | 絶滅危惧II類 | |
| スジシマドジョウ中型種 >|Cobitis sp. M | - | - | 絶滅危惧II類 | |
| イワトコナマズ >|Silurus lithophilus | - | - | 準絶滅危惧 | |
| コイ科 |
| スワモロコ >|Gnathopogon elongatus suwae | - | 絶滅 | 絶滅 | |
| ミヤコタナゴ >|Tanakia tanago | 絶滅危惧種 | 絶滅危惧IA類 | 絶滅危惧IA類 | |
| イチモンジタナゴ >|Acheilognathus cyanostigma | - | 絶滅危惧IB類 | 絶滅危惧IA類 | |
| イタセンパラ | Acheilognathus longipinnis | 絶滅危惧種 | 絶滅危惧IA類 | 絶滅危惧IA類 | |
| セボシタビラ >|Acheilognathus tabira nakamurae | - | 絶滅危惧II類 | 絶滅危惧IA類 | |
| ゼニタナゴ | Acheilognathus typus | 希少種 | 絶滅危惧IB類 | 絶滅危惧IA類 | |
| ニッポンバラタナゴ | Rhodeus ocellatus kurumeus | 絶滅危惧種 | 絶滅危惧IA類 | 絶滅危惧IA類 | |
| スイゲンゼニタナゴ | Rhodeus atremius suigensis | 絶滅危惧種 | 絶滅危惧IA類 | 絶滅危惧IA類 | |
| ヒナモロコ | Aphyocypris chinensis | 絶滅危惧種 | 絶滅危惧IA類 | 絶滅危惧IA類 | |
| シナイモツゴ | Pseudorasbora pumila pumila | 希少種 | 絶滅危惧IB類 | 絶滅危惧IA類 | |
| ウシモツゴ | Pseudorasbora pumila subsp. | 絶滅危惧種 | 絶滅危惧IA類 | 絶滅危惧IA類 | |
| アブラヒガイ >|Sarcocheilichthys biwaensis | - | 絶滅危惧IB類 | 絶滅危惧IA類 | |
| ホンモロコ >|Gnathopogon caerulescens | - | - | 絶滅危惧IA類 | |
| ゲンゴロウブナ >|Carassius cuvieri | - | - | 絶滅危惧IB類 | |
| ニゴロブナ >|Carassius auratus grandoculis | - | - | 絶滅危惧IB類 | |
| タナゴ >|Acheilognathus melanogaster | - | 準絶滅危惧 | 絶滅危惧IB類 | |
| シロヒレタビラ >|Acheilognathus tabira tabira | - | - | 絶滅危惧IB類 | |
| 山陰地方のアカヒレタビラ >|Acheilognathus tabira subsp. | - | 地域個体群 | 絶滅危惧IB類 | |
| カゼトゲタナゴ >|Rhodeus atremius atremius | - | 絶滅危惧II類 | 絶滅危惧IB類 | |
| ワタカ >|Ischikauia steenackeri | - | - | 絶滅危惧IB類 | |
| カワバタモロコ | Hemigrammocypris rasborella | 地域個体群 | 絶滅危惧IB類 | 絶滅危惧IB類 | 1991年版では「静岡県のカワバタモロコ個体群」で評価した。 |
| ウケクチウグイ | Tribolodon nakamurai | 危急種 | 絶滅危惧IB類 | 絶滅危惧IB類 | |
| ハス >|Opsariichthys uncirostris uncirostris | - | - | 絶滅危惧II類 | |
| ツチフキ >|Abbottina rivularis | - | - | 絶滅危惧II類 | |
| デメモロコ >|Squalidus japonicus japonicus | - | - | 絶滅危惧II類 | |
| キンブナ >|Carassius auratus subsp. 2 | - | - | 準絶滅危惧 | |
| ヤリタナゴ >|Tanakia lanceolata | - | - | 準絶滅危惧 | |
| アブラボテ >|Tanakia limbata | - | - | 準絶滅危惧 | |
| ヤチウグイ >|Phoxinus percnurus sachalinensis | - | 準絶滅危惧 | 準絶滅危惧 | |
| カワヒガイ >|Sarcocheilichthys variegatus | - | - | 準絶滅危惧 | |
| スゴモロコ >|Squalidus chankaensis biwae | - | - | 準絶滅危惧 | |
| フナ属の1種（沖縄諸島産） >|Carassius sp. | - | - | 情報不足 | |
| ナガブナ >|Carassius auratus subsp. 1 | - | - | 情報不足 | |
| ヤマナカハヤ >|Phoxinus lagowskii yamamotis | - | 情報不足 | 情報不足 | |
| 琵琶湖のコイ野生型 >|Cyprinus carpio | - | - | 地域個体群 | |
| 本州日本海側のマルタウグイ >|Tribolodon brandti | - | - | 地域個体群 | |
| 東北地方のエゾウグイ >|Tribolodon sachalinensis | - | - | 地域個体群 | |
汽水・淡水魚類レッドリスト（スズキ目）
| 和名 | 学名 | 1991年版 | 1999年版 | 2007年版 | 備考 |
| アカメ科 |
| アカメ >|Lates japonicus | 希少種 | 準絶滅危惧 | 絶滅危惧IB類 | |
| イサキ科 |
| ダイダイコショウダイ >|Plectorhinchus albovittatus | - | - | 情報不足 | |
| キス科 |
| アオギス >|Sillago parvisquamis | - | - | 絶滅危惧IA類 | |
| アトクギス >|Sillago macrolepis | - | - | 絶滅危惧IB類 | |
| シマイサキ科 |
| ヨコシマイサキ >|Mesopristes cancellatus | - | 絶滅危惧IB類 | 絶滅危惧IA類 | |
| ニセシマイサキ >|Mesopristes argenteus | - | 絶滅危惧IB類 | 絶滅危惧IA類 | |
| シミズシマイサキ >|Mesopristes iravi | - | 絶滅危惧IB類 | 絶滅危惧IA類 | |
| タイ科 |
| オヤニラミ | Coreoperca kawamebari | 希少種 | 準絶滅危惧 | 絶滅危惧II類 | |
| スズキ科 |
| ナンヨウチヌ >|Acanthopagrus berda | - | - | 準絶滅危惧 | |
| 有明海地方のスズキ >|Lateolabrax japonicus | - | - | 地域個体群 | |
| 北海道南部・東北地方のスズキ >|Gymnogobius petschiliensis | - | - | 地域個体群 | |
| タカサゴイシモチ科 |
| ナンヨウタカサゴイシモチ >|Ambassis interrupta | - | - | 絶滅危惧II類 | |
| テッポウウオ科 |
| テッポウウオ >|Toxotes jaculatorix | - | - | 情報不足 | |
| テンジクダイ科 |
| カガミテンジクダイ >|Apogon hyalosoma | - | - | 絶滅危惧IA類 | |
| ハナダカタカサゴイシモチ >|Ambassis commersoni | - | - | 情報不足 | |
| ワキイシモチ >|Apogon lateralis | - | - | 情報不足 | |
| ヒルギヌメリテンジクダイ >|Pseudamia amblyuroptera | - | - | 情報不足 | |
| フエダイ科 |
| ウラウチフエダイ >|Lutjanus goldiei | - | 絶滅危惧IA類 | 絶滅危惧IA類 | |
| ユゴイ科 |
| トゲナガユゴイ >|Kuhlia munda | - | - | 絶滅危惧IB類 | |
| ヘビギンポ科 |
| ウラウチヘビギンポ >|Enneapterygius cheni | - | - | 絶滅危惧IA類 | |
| イソギンポ科 |
| ヒルギギンポ >|Omox biporos | - | - | 絶滅危惧IA類 | |
| カワギンポ >|Omobranchus ferox | - | - | 絶滅危惧IA類 | |
| ゴマクモギンポ >|Omobranchus elongatus | - | - | 情報不足 | |
| ネズッポ科 |
| ナリタイトヒキヌメリ >|Pseudocalliurichthys ikedai | - | - | 情報不足 | |
| ツバサハゼ科 |
| ツバサハゼ | Rhyacichthys aspro | 希少種 | 絶滅危惧IB類 | 絶滅危惧IA類 | |
| カワアナゴ科 |
| カワアナゴ科の1種 >|Bunaka gyrinoides | - | - | 情報不足 | |
| ハゼ科 |
| トカゲハゼ >|Scartelaos histophorus | - | 絶滅危惧IA類 | 絶滅危惧IA類 | |
| ヨロイボウズハゼ >|Lentipes armatus | - | 絶滅危惧IA類 | 絶滅危惧IA類 | |
| カエルハゼ >|Sicyopus leprurus | - | 絶滅危惧IA類 | 絶滅危惧IA類 | |
| アカボウズハゼ >|Sicyopus zosterophorum | - | 絶滅危惧IA類 | 絶滅危惧IA類 | |
| ハヤセボウズハゼ >|Stiphodon imperiorientis | - | 絶滅危惧IA類 | 絶滅危惧IA類 | |
| コンテリボウズハゼ >|Stiphodon atropurpureus | - | - | 絶滅危惧IA類 | |
| ドウクツミミズハゼ | Luciogobius albus | 希少種 | 絶滅危惧IA類 | 絶滅危惧IA類 | |
| ミスジハゼ >|Callogobius sp. | - | 絶滅危惧IA類 | 絶滅危惧IA類 | |
| ウラウチイソハゼ >|Eviota ocellifer | - | - | 絶滅危惧IA類 | |
| シマサルハゼ >|Oxyurichthys sp. | - | - | 絶滅危惧IA類 | |
| ヒメトサカハゼ >|Cristatogobius aurimaculatus | - | 絶滅危惧IA類 | 絶滅危惧IA類 | |
| クロトサカハゼ >|Cristatogobius nonatoae | - | 絶滅危惧IA類 | 絶滅危惧IA類 | |
| イサザ >|Gymnogobius isaza | - | 準絶滅危惧 | 絶滅危惧IA類 | |
| キセルハゼ >|Gymnogobius cylindricus | - | 絶滅危惧IA類 | 絶滅危惧IA類 | |
| アゴヒゲハゼ >|Glossogobius bicirrhosus | - | 絶滅危惧IA類 | 絶滅危惧IA類 | |
| コンジキハゼ >|Glossogobius aureus | - | 絶滅危惧IA類 | 絶滅危惧IA類 | |
| カワクモハゼ >|Bathygobius sp. | - | - | 絶滅危惧IA類 | |
| ホホグロハゼ >|Mugilogobius parvus | - | - | 絶滅危惧IA類 | |
| オガサワラヨシノボリ >|Rhinogobius sp. BI | - | 絶滅危惧IB類 | 絶滅危惧IA類 | |
| コマチハゼ >|Parioglossus taeniatus | - | 絶滅危惧IA類 | 絶滅危惧IA類 | |
| ヒメサツキハゼ >|Parioglossus interruptus | - | - | 絶滅危惧IA類 | |
| ヤエヤマノコギリハゼ >|Butis amboinensis | - | 絶滅危惧II類 | 絶滅危惧IB類 | |
| ジャノメハゼ >|Bostrychus sinensis | - | 絶滅危惧II類 | 絶滅危惧IB類 | |
| タナゴモドキ | Hypseleotris cyprinoides | 希少種 | 絶滅危惧IB類 | 絶滅危惧IB類 | |
| タメトモハゼ >|Ophieleotris sp. 1 | - | 絶滅危惧IB類 | 絶滅危惧IB類 | |
| タビラクチ >|Apocryptodon punctatus | - | 絶滅危惧IB類 | 絶滅危惧IB類 | |
| ムツゴロウ | Boleophthalmus pectinirostris | 危急種 | 絶滅危惧II類 | 絶滅危惧IB類 | |
| チワラスボ >|Taenioides cirratus | - | - | 絶滅危惧IB類 | |
| ルリボウズハゼ >|Sicyopterus lagocephalus | - | 絶滅危惧IB類 | 絶滅危惧IB類 | |
| トサカハゼ >|Cristatogobius lophius | - | 絶滅危惧IB類 | 絶滅危惧IB類 | |
| クボハゼ >|Gymnogobius scrobiculatus | - | 絶滅危惧IB類 | 絶滅危惧IB類 | |
| ウキゴリ属の1種（ジュズカケハゼ関東型） | Gymnogobius sp. | - | 地域個体群 | 絶滅危惧IB類 | 1999年版では「関東地方のジュズカケハゼG. castaneus」で評価した。 |
| シマエソハゼ >|Schismatogobius ampluvinculus | - | 絶滅危惧IB類 | 絶滅危惧IB類 | |
| エソハゼ >|Schismatogobius roxasi | - | 絶滅危惧IB類 | 絶滅危惧IB類 | |
| マングローブゴマハゼ >|Pandaka lidwilli | - | - | 絶滅危惧IB類 | |
| アオバラヨシノボリ >|Rhinogobius sp. BB | - | 絶滅危惧IB類 | 絶滅危惧IB類 | |
| キバラヨシノボリ >|Rhinogobius sp. YB | - | 絶滅危惧IB類 | 絶滅危惧IB類 | |
| コビトハゼ >|Parioglossus rainfordi | - | - | 絶滅危惧IB類 | |
| ホシマダラハゼ >|Ophiocara porocephala | - | - | 絶滅危惧II類 | |
| アサガラハゼ >|Brachyamblyopus anotus | - | - | 絶滅危惧II類 | |
| ワラスボ >|Odontamblyopus lacepedii | - | - | 絶滅危惧II類 | |
| ヒゲワラスボ >|Taenioides limicola | - | - | 絶滅危惧II類 | |
| シロウオ >|Leucopsarion petersii | - | 準絶滅危惧 | 絶滅危惧II類 | |
| ミナミヒメミミズハゼ >|Luciogobius sp. | - | 地域個体群 | 絶滅危惧II類 | 1999年版では「琉球列島のミミズハゼ」で評価した。 |
| エドハゼ >|Gymnogobius macrognathos | - | 絶滅危惧IB類 | 絶滅危惧II類 | |
| チクゼンハゼ >|Gymnogobius uchidai | - | 絶滅危惧IB類 | 絶滅危惧II類 | |
| シンジコハゼ | Gymnogobius taranetzi | 希少種 | 絶滅危惧II類 | 絶滅危惧II類 | |
| ハゼクチ >|Acanthogobius hasta | - | - | 絶滅危惧II類 | |
| ミナミアシシロハゼ >|Acanthogobius insularis | - | 絶滅危惧II類 | 絶滅危惧II類 | |
| マサゴハゼ >|Pseudogobius masago | - | 地域個体群 | 絶滅危惧II類 | 1999年版では「沖縄島のマサゴハゼ」で評価した。 |
| キララハゼ >|Acentrogobius viridipunctatus | - | 絶滅危惧II類 | 絶滅危惧II類 | |
| ゴマハゼ >|Pandaka sp. | - | - | 絶滅危惧II類 | |
| ボルネオハゼ >|Parioglossus palustris | - | - | 絶滅危惧II類 | |
| ゴシキタメトモハゼ >|Ophieleotris sp. 2 | - | - | 準絶滅危惧 | |
| トビハゼ >|Periophthalmus modestus | - | 地域個体群 | 準絶滅危惧 | 1999年版では「東京湾奥部のトビハゼ」及び「沖縄島のトビハゼ」で評価した。 |
| イドミミズハゼ | Luciogobius pallidus | 希少種 | 情報不足 | 準絶滅危惧 | |
| ヒモハゼ >|Eutaeniichthys gilli | - | - | 準絶滅危惧 | |
| ホクロハゼ >|Acentrogobius caninus | - | - | 準絶滅危惧 | |
| トウカイヨシノボリ >|Rhinogobius sp. TO | - | - | 準絶滅危惧 | |
| ショウキハゼ >|Tridentiger barbatus | - | - | 準絶滅危惧 | |
| イシドンコ >|Odontobutis hikimius | - | - | 情報不足 | |
| エリトゲハゼ >|Belobranchus belobranchus | - | - | 情報不足 | |
| カキイロヒメボウズハゼ >|Stiphodon surrufus | - | - | 情報不足 | |
| ネムリミミズハゼ >|Luciogobius dormitoris | - | 情報不足 | 情報不足 | |
| ドウケハゼ >|Stenogobius ophthalmoporus | - | - | 情報不足 | |
| ヘビハゼ >|Gymnogobius mororanus | - | - | 情報不足 | |
| スダレウロハゼ >|Glossogobius circumspectus | - | - | 情報不足 | |
| フタゴハゼ >|Glossogobius sp. | - | - | 情報不足 | |
| コクチスナゴハゼ >|Pseudogobius sp. | - | - | 情報不足 | |
| ニセシラヌイハゼ >|Silhouettea sp. | - | - | 情報不足 | |
| シラヌイハゼ >|Silhouettea dotui | - | - | 情報不足 | |
| タスキヒナハゼ >|Redigobius balteatus | - | 絶滅危惧IA類 | 情報不足 | |
| フタホシハゼ >|Mugilogobius fusca | - | - | 情報不足 | |
| ムジナハゼ >|Mugilogobius sp. | - | - | 情報不足 | |
| ニセツムギハゼ >|Acentrogobius audax | - | - | 情報不足 | |
| ホホグロスジハゼ >|Acentrogobius suluensis | - | - | 情報不足 | |
| ギンポハゼ >|Parkraemeria ornata | - | - | 情報不足 | |
| ビワヨシノボリ >|Rhinogobius sp. BW | - | - | 情報不足 | |
| ナミノコハゼ >|Gobitrichinotus radiocularis | - | - | 情報不足 | |
| トンガスナハゼ >|Kraemeria tongaensis | - | - | 情報不足 | |
| マイコハゼ >|Parioglossus lineatus | - | 絶滅危惧IA類 | 情報不足 | |
| 鳥海山周辺地域のジュズカケハゼ >|Gymnogobius castaneus | - | - | 地域個体群 | |
| 富山平野のジュズカケハゼ >|Gymnogobius castaneus | - | - | 地域個体群 | |
| ゴクラクギョ科 |
| タイワンキンギョ | Macropodus opercularis | 希少種 | 絶滅危惧IA類 | 絶滅危惧IA類 | |
※計数は、発表された当時の各レッドリストの掲載種の数であり、表内のカテゴリーの数と計数が一致しないことがある。これは、レッドリストの見直しに伴い評価単位である分類群（種や亜種、地域個体群等）を変更することがあり、本表ではそれらの変遷も追えるように作成されているためである。これらについては備考を参照のこと。
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